为了解决物流企业税收政策方面存在的突出问题，国家有关部门相继采取了一系列政策措施。2004年8月，国家发改委等九部门据此出台了《印发关于促进我国现代物流业发展的意见的通知》（发改运行[2004]1617号），其中特别强调完善物流企业税收管理 。明确指出：

　　1.合理确定物流企业营业税计征基数。物流企业将承揽的运输、仓储等业务分包给其他单位并由其统一收取价款的，应以该企业取得的全部收入减去其他项目支出后的余额，为营业税的计税基数。具体办法由国家税务总局制定。 

　　2.允许符合条件的物流企业统一缴纳所得税。物流企业在省、自治区、直辖市范围内设立的跨区域分支机构，凡在总部领导下统一经营、统一核算，不设银行结算账户、不编制财务报表和账簿的，并与总部微机联网、实行统一规范管理的企业，其企业所得税由总部统一缴纳。

　　根据上述精神，国家税务总局于2005年12月29日，以国税发[2005]208号文发布《关于试点物流企业有关税收政策问题的通知》。从2006年1月1日起，对国家发改委和税务总局联合确认的37家试点物流企业，进行有关物流企业营业税差额纳税的试点工作。

　　2006年3月18日，国家税务总局以国税函[2006]270号文，发出《关于物流企业缴纳企业所得税问题的通知》。明确提出，物流企业在同一省、自治区、直辖市范围内设立的跨区域机构(包括场所、网点)，凡在总部统一领导下统一经营、统一核算，不设银行结算账户、不编制财务报表和账簿，并与总部微机联网、实行统一规范管理的企业，其企业所得税由总部统一缴纳，跨区域机构不就地缴纳企业所得税。

　　这两份文件的出台，可以说从国家政策层面上基本解决了物流企业在税收方面遇到的突出问题，是国家有关部门支持我国现代物流业发展的重要举措，受到了业界普遍欢迎。

　　但是，物流业是新兴产业，涉及面非常广，再加上各地情况千差万别，对国家政策的理解和执行也不尽一致，在一些政策的执行过程中，就存在着这样或那样的问题，需要在实践中研究解决。就我本人的调查了解，大致有这样几个问题：

　　第一，关于物流企业的认定问题。

　　这是地方税务部门提出的普遍问题，也是执行物流企业税收政策首先遇到的问题。虽然，我们已经有了《物流企业分类与评估指标》国家标准，但这个标准的认定和执行还需要时间。我个人理解，就目前情况看，还应该以九部门文件为依据，即物流企业是指具备或租用必要的运输工具和仓储设施，至少具有从事运输(或运输代理)和仓储两种以上经营范围，能够提供运输、代理、仓储、装卸、加工、整理、配送等一体化服务，并具有与自身业务相适应的信息管理系统，经工商行政管理部门登记注册，实行独立核算、自负盈亏、独立承担民事责任的经济组织。符合上述条件的，各级税务部门就应该认定为物流企业。

　　第二，关于试点企业所属企业的问题。

　　虽然在国税发[2005]208号文中有这样的表述："对国家发改委和国家税务总局联合确认纳入试点名单的物流企业及所属企业（以下简称试点企业）的有关税收政策问题通知如下。"但在具体执行中，还是有一些试点企业的所属企业不能够享受试点政策。这里边需要明确什么是所属企业，是全资子公司，还是绝对控股或相对控股的企业？如何取得所属企业的相关证明，也需要明确。

　　第三，关于自开票纳税人资格认定的问题。

　　自开票纳税人有自有车辆数量的规定，这样不利于整合社会资源。特别是一些集团型物流企业，就集团本身来讲有足够的车辆，但具体到某一家下属公司，因为没有运输车辆而不能取得自开票纳税人资格，也就享受不到营业税差额纳税的政策。

　　第四，关于非试点物流企业的问题。

　　国税发[2005]208号文发出后，个别地方作了片面理解，指出，"凡不属于国税发〔2005〕208号文件规定的试点物流企业名单范围内的物流企业开具的货物运输发票，一律不予计算抵扣进项税额。"其实，早在208号文出台前，国家税务总局国税发[2004]88号《关于货物运输业若干税收问题的通知 》就明确规定，不论物流企业还是运输企业，开具的货物运输发票，都可以计算抵扣进项税额。208号文是88号文的延伸，并没有否定88号文，因此，非试点物流企业还应该执行88号文的规定。

　　第五，关于第二批试点企业的申报问题。

　　第一批试点企业开始试点后，许多物流企业纷纷要求纳入第二批试点。于今年5月召开的全国现代物流工作部际联席会议第二次会议，在《纪要》的附件中提出，国家税务总局牵头，会同国家发改委、财政部继续落实《关于试点物流企业有关税收政策问题的通知》，在总结前期物流企业试点基础上，积极稳妥地推进现代物流企业试点工作。联合会作为行业中介组织在提出第一批试点企业名单的基础上，早在部际联席会议召开之前<