由于嘉兴市“十一五”航道规划起步早、行动快、层次高、适应性强，“五干三支二港区”建设规划不仅全部列入嘉兴市政府和省厅“十一五”建设规划，而且也全部列入交通部“十一五”高等级航道网规划重点开工建设项目。嘉兴内河水运工程建设“十一五”规划重点是“五干三支二港”。“五干”为：京杭运河、杭申线“四改三”改造工程、乍嘉苏线“五改四”改造工程、湖嘉申线嘉兴段三级航道、杭平申线四级航道改造工程。该规划还第一次提出了打造高等级生态航道的理念，通过对航道护岸结构形式的创新和护坡的植树绿化，有效降低了船行波的冲刷和雨水侵蚀，保护耕地，净化水质，大大改善沿岸的生态环境，实现人与自然的和谐发展。
　　“十一五”期间的嘉兴水运建设投资占据了浙江省的内河水运投资半壁江山，这些项目的建成，使嘉兴内河航道基础设施基本适应运输发展的需要，内河航运的优势和规模得以体现并步入良性发展阶段。
　　2006年嘉兴市将重点建设：一是湖嘉申线（嘉兴段一期）航道改造，建设规模三级航道29.19公里，总投资58444万元，2006年计划投资30000万元，计划完成征迁，完成护岸、土方20%，桥梁开工（含07省道及乍嘉苏高速公路桥）。二是嘉于硖线（南郊河） 航道改造，建设规模：四级航道47.78公里，总投资65347万元，2006年计划投资20000万元，于硖段完成征迁、累计完成护岸、土方90%，桥梁70%。三是嘉兴内河国际集装箱码头年吞吐量35万标箱总投资37484万元，2006年计划投资7000万元完成征迁，码头、堆场、主要建筑、道路完成30%。四是杭平申线（含海宁环城河）四级航道121.48公里，2006年计划完成初步设计，启动海宁环城河段。