在《海峡两岸海运协议》及其附件中，双方同意相互开放主要对外开放港口作为直航港口，两岸资本并在两岸登记的船舶，经许可后可以从事两岸间客货直接运输。大陆方面现阶段开放上海、宁波、秦皇岛、厦门、汕头、潮州、惠州、蛇口、盐田、赤湾、妈湾、虎门、广州、珠海、茂名、湛江等63个港口，台湾方面开放基隆（含台北）、高雄（含安平）、台中、花莲等11个港口。在船舶识别问题上，双方同意两岸登记船舶自进入对方港口至出港期间，船舶悬挂公司旗，船艉及主桅暂不挂旗。双方同意在两岸货物、旅客通关入境等口岸管理方面提供便利。

根据《海峡两岸邮政协议》，双方同意开办两岸直接平常和挂号函件（包括信函、明信片、邮简、印刷品、新闻纸、杂志、盲人文件）、小包、包裹、特快专递（快捷邮件）、邮政汇兑等业务，并加强其他邮政业务合作。

　　协议分别确定了两岸邮件封发局。大陆方面邮件封发局为北京、上海、广州、福州、厦门、西安、南京、成都；台湾方面邮件封发局为台北、高雄、基隆、金门、马祖。双方可视需要，增加或调整邮件封发局，并由增加或调整一方通知对方。

　　双方同意通过空运或海运直航方式将邮件总包运送至对方邮件处理中心，并同意建立邮政业务账务处理直接结算关系。