万州区明确提出万州航运发展的总体目标：通过本世纪前20年的努力，总投资56亿元，实现港口机械化、规模化、多功能化和船舶标准化、大型化、舒适化，努力把万州建成三峡库区航运中心。 
   随着长江三峡蓄水成库，万州的航运事业不断发展，现已拥有各类水运企业30多户，各类营运和非营运船舶318艘，货载能力14.4万吨，2.4万个客位。但这离建设重庆第二大城市的要求还存在距离。还存在航运资源未得到充分利用、港航基础设施建设仍然滞后和装备水平不高，以及船舶技术比较落后等问题和困难。万州将根据有关规划，建设具有相当规模的港区，着力推进物流工程建设，充分利用综合运输的优势，逐步形成运输装卸、仓储、加工、贸易、信息服务为一体的现代化港口物流中心，努力把万州建成三峡库区航运中心。