按照政策规定以及国际货代行业的实际情况，非一级国际货代应适用增值税免税处理，相关主要考虑如下：

1.非一级国际货代企业如果不能免税，则需要承担一级国际货代企业及国际运输企业的增值税税负，企业税收负担极大加重；同时一级国际货代企业需将免税业务相应进项税作转出处理，形成了双重征税。

若仅将免税政策适用于对接国际运输企业的一级国际货代企业，虽然解决了一级国际货代企业的税负大幅上升问题，但未能彻底打通国际运输的增值税链条，使得国际运输企业享受增值税零税率免征的增值税转移至非一级国际货代企业征收，且非一级国际货代企业仅能从一级国际货代企业取得增值税普通发票而无法进行抵扣。此时，非一级国际货代企业环节之前的国际运输企业以及一级国际货代企业的增值税税负，将全部由非一级货代企业承担，极大地加重了企业的税收负担。同时，一级国际货代企业需将免税业务相应进项税作转出处理，企业的成本相应上升，且对该部分进项税对应的成本，非一级货代仍需就该部分金额缴纳增值税，形成了双重征税。

2.国际运输增值税链条断裂，零税率政策意图未能落实，严重影响我国进出口贸易和服务贸易

由于国际运输的增值税链条在非一级国际货代企业断裂，造成国际运输零税率无法实质实现，间接影响我国的进出口贸易。国际货代业税负上升将直接传导到进出口贸易商品价格，进而影响我国进出口贸易的国际竞争力。为规避税负增加的风险，进出口贸易双方加快将国际贸易结算地转向境外，导致税源大量流失。据了解，2013年8月1日以来，出口贸易CIF（离岸价格，含成本、运费、保险）结算业务量出现大幅下滑。国际贸易结算地外迁，导致国际货代业务大量转移到国外代理企业，国外代理企业更多选择国外的航运企业合作。长期来看，我国国际货代行业将快速萎缩，原本已步履维艰的我国航运企业也将遭受重创。这不仅导致税源流失，还严重影响我国本已弱势的航运服务贸易的市场份额，对国家经济安全也将产生不利影响。

3.国内货物运输代理企业不会虚假适用免税政策

首先，我国货代企业提供的服务主要是国际货代服务，国内货代服务比重很小。其次，国内货代服务销售额按照6%缴纳销项税，如同时可以取得国内运费11%的进项税，销项税小于进项税或基本持平，则国内货代服务没有动力虚假适用免税政策。

4.免税不会影响国家财政收入，也不会造成各地税收产生不均衡性

从增值税流转环节看，非一级国际货代免税后，非一级国际货代企业不得对货主或下级国际货代企业开具增值税专用发票，货主或下级国际货代企业也不会取得进项税，免税整体上不会影响国家财政收入，也不会造成各地税收产生不均衡性。

5.国际货代业资质易于认定

对于从事国际货代业的企业，可凭其营业执照中经营范围列示的“国际货运代理、国际船舶代理”认定其可从事国际货代业务。

6.国际和国内货代收入可以有效区分

在实务操作中，国际货代企业可通过提单、运单或国际航行船舶出口岸许可证证明其所提供的服务属于国际货代服务，通过相关的结算单据证明相关收入属于国际货代服务收入。单证链条清晰，具备实践操作性。